为了抗击保皇派，里瓦·阿圭罗派了一个使节到瓜阿基尔向博利瓦尔求援。结果，1823年3月18日签订了一项哥秘条约，根据条约，哥伦比亚答应派六千士兵去秘鲁，但秘鲁必须负担军铜，装备军队，并赔偿一切损失。在来取得哥伦比亚国会的必要同意前，博利瓦尔无法随军前往，因此派了苏克雷作为他在利马的全权代表。经过秘鲁先后三次请求，国会才同意博利瓦尔前往，并于9月1日到达利马。从爱国派这一方面来看，现在秘鲁实际上处于与保皇派内战的状态。当时，保皇派归坎特拉克领导，他曾在会战中重新取得主动权并占领了大片领土。苏克雷没有打败坎特拉克，也没有说服秘鲁人与他实行联合。因此，同里瓦·阿圭罗不和的秘鲁国会于9月10日，把整个军事指挥权以及视倩况所需的一切通常和非常的权力交给了博利瓦尔。这就意味着博利瓦尔已成为秘鲁的独裁者。他很快就组织了军队并订出了计划，即使这样，还是出现了重要的反复:1824年1月，博利瓦尔本人在帕提比耳卡受到禁闭;2月，卡亚俄向保皇派投降;保皇派的军队增至一万八千人，与此同时，秘鲁的某些重要人物也加入了保皇派的行列。在此关键时刻，国会的官员推举博利瓦尔为独裁者，并使他凌驾于总统和国会之上。到6月，博利瓦尔又重新组织了他的军队，并通过两次战役，和苏克雷一道决定了这次战争的胜败。

胡宁(1824年8月7日)和艾阿库裘(12月9日)两次战役粉碎了保皇派的军队，后一战役是苏克雷取得的一次伟大的胜利，它决定着秘鲁和南美洲自由的命运。的确，在博利瓦尔踏上秘鲁国土之前，圣马丁已经控制了沿海地带，而且秘鲁的爱国派从这位大陆南部的解放者那里，得到了很大的帮助。但是，这次解放全国，并使其独立得到巩固的战家，二是为它建立政治组织。1825年这两个任务都完成了。1825年是博利瓦尔取得最大胜利的一年。这一年他获得秘鲁国会授予他的一切荣誉，在他的凯旋旅行中，还得到这个国家各主要城市授予他的荣誉。同时，他还建立了一个新的国家，根据他自己的名字，命名为博利瓦尔。1825年1月到月，苏克雷相当容易地就解放了上秘鲁，并使自己成为该地区的主人。但是，建立政治组织却是一项更加艰巨的任务，因为，有些人希望与阿根廷合并，另外一些人则要求完全独立。苏克雷召开了一次国民会议讨论这一问题。博利瓦尔亲自指出，上秘鲁过去属于拉普拉塔河的管区，因此，按照爱国派的意见，它应划人建立在该管区，即阿根廷基础上的这一自由国家的管辖范围。苏克雷通过与布宜诺斯艾利斯的权威人士进行协商的办法—他们赞成召开上秘鲁会议—解决了宪法问题，从而解除了博利瓦尔的顾虑。因此，博利瓦尔同意苏克雷召开这次会议。

7月10日会议在丘基萨卡举行，不同意使该国成为阿根廷或秘鲁的一部分，相反，宣布了上秘鲁的独立(当时它拥有居民一百万左右)。会议给这个新国家取名为博利瓦尔，并授予解放者以各科荣誉:推举他为总统，并请求他给国家建立政治组织，甚至起草国家的宪法。为此，博利瓦尔在全国各地进行了短期巡视，下令进行各种行政改革。他于1825年年底回到利马，而留下苏克雷负责博利瓦尔政府的事务。博利瓦尔从利马寄出了他提出的宪法。略经修改之后，该宪法即为1826年7月在丘基萨卡举行的宪法会议所通过。在他同时寄出的咨文中，博利瓦尔提出了一个光辉的意见，即选民不必拥有财产。“就共和权力的实施而言，需要的是知识和诚实，而不是钱”。将来的政府应是人民的和代议制的政府。主权应当属于人民所有，通过间接选举加以实施。最高权力部门有四。即选举部、立法部、行政部和司法部。在历来三权分立的基础上增加选举权并不是一项重要的革新。另一新的措施是将立法部分为三个院:护民官(Trihunes)负责有关行政事务，并根据政府的建议处理交战与睛和事宜，参议员负责处理有关实际立法和法典编撰事宜，检查官负责监督整个体制。总统为终身职，仅有任命财政和有关交战与蜡和官员的权力。总统还统率军队，但对行政条例不负责任。